Maailman kaukaisimmilla alueilla taikuutta esiintyy edelleen maan, taivaan ja kaiken luonnollisen asian hengissä. Kun Euroopan suurvallat venyttävät siirtomaavaltakuntaansa yhä pidemmälle, ne väistämättä vaativat paikkaa, jossa hengillä on edelleen valtaa - ja kun he tekevät niin, maa itse taistelee takaisin siellä asuvien saarilaisten rinnalla.
Spirit Island on monimutkainen ja temaattinen yhteistyöpeli, jossa voit puolustaa kotisi saarta hyökkääjiltä. Pelaajat ovat maan erilaisia henkiä, joilla jokaisella on omat ainutlaatuiset alkuvoimansa. Joka vuorollaan pelaajat valitsevat samanaikaisesti, mitä voimakorttiaan pelataan, ja maksavat siitä energiaa. Voimakorttien yhdistelmien käyttäminen, jotka vastaavat hengen alkuainesuhtauksia, voi tarjota ilmaisia bonustehosteita. Nopeammat voimat tulevat voimaan välittömästi, ennen kuin hyökkääjät leviävät ja tuhoavat, mutta muut taikuudet ovat hitaampia, ja niiden tehokas käyttö vaatii ennakointia ja suunnittelua. Henkivaiheessa henget saavat energiaa ja valitsevat, miten/haluavatko Kasvata: ottamaan takaisin käytettyjä voimakortteja, etsimään uutta voimaa tai levittämään läsnäoloa saaren uusille alueille.
Invaders laajenee saaren kartalle puoliksi ennustettavasti. Jokaisella käännöksellä he tutkivat joitain maita (saaren osia); Seuraavassa vuorossa he rakentavat näille maille muodostaen siirtokuntia ja kaupunkeja. Sen jälkeisessä käännöksessä he tuhoavat siellä, tuoden ruttoa maahan ja hyökkäämällä kaikkia paikallisia saarelaisia vastaan.
Saaren asukkaat taistelevat hyökkääjiä vastaan ja antavat hengille muuta apua, mutta eivät välttämättä aina tee sitä juuri niin kuin olisit toivonut. Jotkut voimat työskentelevät saaren asukkaiden kautta auttamalla heitä (esim.) karkottamaan hyökkääjät tai puhdistamaan maan rutosta.
Peli eskaloituu sen edetessä: henget levittävät läsnäoloaan saaren uusiin osiin ja etsivät uusia ja tehokkaampia voimia, kun taas valloittajat tehostavat kolonisaatiopyrkimyksiään. Jokainen vuoro edustaa 1-3 vuoden vaihtoehtoista historiaa.
Pelin alussa voittaminen edellyttää jokaisen pelilaudalla olevan asutuksen ja kaupungin tuhoamista – mutta kun pelottelet hyökkääjiä yhä enemmän, voitosta tulee helpompaa: he pakenevat, vaikka siirtokuntia tai kaupunkeja olisi jäljellä. Tappio tulee, jos jokin henki tuhoutuu, jos rutto valtaa saaren tai jos Invader-kansi tyhjenee ennen voiton saavuttamista.
Peli sisältää erilaisia vastustajia, joita vastaan taistella (esim. Ruotsin kaivossiirtomaa tai etäinen brittiläinen siirtomaa) . Jokainen muutos pelaa eri tavoilla ja tarjoaa erilaisia vaikeuslisäyksiä, jotta peli pysyy haastavana taitojen kasvaessa.